Die isolierte Lage der Universität in West-Berlin ermöglichte den Bau einiger zentraler Einrichtungen wie des Benjamin-Franklin-Krankenhauses und des Henry-Ford-Baus, um einen hohen akademischen Bildungsstandard aufrechtzuerhalten. Die Universität pflegt enge Beziehungen zu führenden akademischen Institutionen und Persönlichkeiten in Deutschland, Europa und der ganzen Welt. Derzeit unterhält die Universität fast 100 Partnerschaften auf Hochschulebene sowie über 300 Hochschulpartnerschaften im Rahmen des akademischen Austauschnetzwerks Erasmus+ und anderer Programme.
Die akademischen Aktivitäten in Dahlem wurden von Friedrich Althoff, Ministerialdirektor im preußischen Kultusministerium, gefördert, der damals die Gründung eines „deutschen Oxford“ vorschlug. Die ersten Neubauten beherbergten staatliche akademische und wissenschaftliche Einrichtungen sowie neue Institute der ehemaligen Universität Berlin.
2007 war ein weiteres Schlüsseljahr für die Freie Universität Berlin: Sie erhielt die meisten Förderanträge der Exzellenzinitiative und ist nun eine von neun herausragenden deutschen Universitäten, die im Rahmen ihrer Zukunftsstrategie gefördert werden. Im selben Jahr weihte die Freie Universität Berlin ein Denkmal für die bei den Protesten getöteten Gründungsstudenten ein. Mit dem Freiheitspreis zeichnet die Universität Persönlichkeiten aus, die sich in besonderem Maße um die Freiheit verdient gemacht haben.